发酵是有机肥料生产的最关键工序，直接影响到有机肥料最终的产品质量。有机肥发酵工艺代表性的有厌氧发酵工艺和好氧发酵工艺，下面我们来看区别：
厌氧发酵
厌氧发酵是在无氧的条件下有机肥料分解的过程，其主要产物是甲烷、二氧化碳和许多低分子量的中间产物，如有机酸等。
厌氧发酵和好氧发酵相比较，单位质量的有机质降解产生的能量较少，而且厌氧发酵通常容易发出臭味。
由于这些原因，目前厌氧发酵大都是配套沼气项目采用。厌氧发酵不但装置投资大，而且还需要解决沼气、沼液的使用问题。因此，大部分有机肥生产工厂都采用好氧发酵工艺腐熟制备原料。
好氧发酵
好氧发酵是在有氧的条件下有机物料分解的过程，其代谢产物主要是二氧化碳和水。好氧发酵是在微生物的作用下通过发酵使有机物矿质化、腐熟化和无害化而变成腐熟肥料的过程。在微生物分解有机质的过程中，不但生成大量可被植物吸收的有效态氮、磷、钾等化合物，而且又合成新的高分子化合物——腐殖质，它是构成土壤肥力的重要活性物质。
好氧发酵示意图
相比较厌氧，好氧发酵具有成本低、发酵产物生物活性强、肥效高、易于推广的特点，同时达到了去臭、灭菌的目的，所以大部分有机肥生产工厂采用的是好氧发酵工艺。
